Es el Órgano de Control Institucional constituye la Unidad especializada responsable de llevar a cabo el control gubernamental en la entidad, de conformidad con lo dispuesto en los artículos 6º, 7º y 8º de la Ley 27785 “Ley del Sistema Nacional de Control y de la Contraloría General de la República” con la finalidad de promover la correcta y transparente Gestión de los recursos y bienes de la entidad, cautelando la legalidad y eficiencia de sus actos y operaciones, así como el logro de sus resultados mediante la ejecución de labores de control. Funcionalmente depende de la Contraloría General de la República y Auditoria General de Educación.

Las Funciones Generales del Órgano de Control Institucional son:

1. Formular, ejecutar y evaluar el Plan Anual de Auditoria Gubernamental, de conformidad con la política y planes de control de las instancias correspondientes de la Dirección Regional, Sede Central del Ministerio de Educación y de nuestro ente rector la Contraloría General de la Republica y sus Normas Conexas de la Republica.
2. Realizar acciones de seguimiento que corresponda, cautelando la ejecución de medidas correctivas y/o sanciones dispuestas por el Titular de la entidad para mejorar la gestión y para la prevención y sanción de actos de corrupción de la gestión pública.
3. Organizar y ejecutar las acciones de control preventivo y posterior que específicamente le encargue el Titular de la Unidad de Gestión Educativa y los Organismos superiores de control.
4. Elaborar los informes de Control Interno y elevarlos a la Dirección de la Unidad de Gestión Educativa Local, y a la Controlaría General de la República y otras instancias según corresponda.
5. Investigar las denuncias administrativas presentadas al Órgano de Auditoria Institucional por Terceras personas informando sobre el resultado al Titular de la entidad. Para que adopten las medidas correctivas pertinentes.
6. Proponer e implementar mecanismos de prevención y sanción para los actos de corrupción en la gestión administrativa.